При удалении или перемещении постов в корзину, WordPress MU не обновляет счётчик постов в блоге. Для того чтобы пофиксить эту проблему можно добавить в wp-includes/wpmu-defaul-filters.php строки:
add_action ( ‘delete_post’, ‘update_posts_count’ );
add_action ( ‘trash_post’, ‘update_posts_count’ );
Если нет желания модифицировать код, то можно создать php файл в wp-content/mu-plugins и добавить эти строки туда.
Написал тикет в WordPress Trac.